凝膠凈化色譜是凝膠滲透色譜主要應用的一種，是樣品前處理的一種方法。

凝膠凈化色譜是一種以惰性多孔凝膠為固定相，基于尺寸排阻原理，主要依據(jù)分子尺寸大小差異使物質分離的一種高效液相色譜方法。

一個含有各種分子的樣品溶液緩慢地流經(jīng)凝膠色譜柱時，各分子在柱內同時進行著兩種不同的運動:垂直向下的移動和無定向的擴散運動。

大分子物質由于直徑較大，不易進入凝膠顆粒的微孔，而只能分布顆粒之間，所以在洗脫時向下移動的速度較快。

小分子物質除了可在凝膠顆粒間隙中擴散外，還可以進入凝膠顆粒的微孔中，即進入凝膠相內，在向下移動的過程中，從一個凝膠內擴散到顆粒間隙后再進入另一凝膠顆粒，如此不斷地進入和擴散，小分子物質的下移速度落后于大分子物質，從而使樣品中分子大的先流出色譜柱，中等分子的后流出，分子更小的更后流出。

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